Титульный фестиваль театра, проходящий ежегодно во второй половине января — начале февраля, до 2014 года носил название «Крещенская неделя». Основной целью переформатирования было усиление концептуального характера фестиваля при одновременном сжатии во времени. Темы предыдущих фестивалей: «Профессия: дирижер», «Великие литературные сюжеты в музыке», «Диалоги и двойники», «Старый Новый век», «Итальянские оперные вечера»). Тема Крещенского фестиваля 2019 года — «Дебюты и возвращения»: в частности, имеются в виду первые обращения дирижеров или артистов к сочинению или роли. 

Традиционно на Крещенском фестивале Новая Опера представляет редко звучащие или забытые шедевры в концертном исполнении (в 2018 году — «Марта» Ф. Флотова, «Анре Шенье» У. Джордано), «обкатывает» будущие постановки (так было с операми «Саломея» Р. Штрауса, «Ромео и Джульетта» Гуно). Программу дополняют концерты симфонической и камерной музыки (последние — в Зеркальном фойе театра).